高美濕地雖然面積不大,但是由於泥質及沙質灘地兼具,加上與河口沼澤地帶鑲嵌在一起,因此孕育了豐富又複雜的濕地生態,及目前所知全臺灣最大族群的雲林莞草區,形成乾濕相間伴有植物生長的複雜地形,另外,被國際自然資源保育聯盟列為瀕危等級的大安水蓑衣也是這裡的稀有植物,目前以圍籬保護,作為學術研究及觀賞之用。